15 may 2006-cı ildə Türkiyə Tarix Qurumu, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının Tarix İnstitutu, Bakı Dövlət Universiteti və ATİB-in təşkilatçılığı ilə BDU-da “Azərbaycan və Türkiyə Tarixində Erməni Məsələsi” adlı konfrans təşkil edilmişdir. Konfransın yekununda adıçəkilən 4 təşkilat tərəfindən Bakı Bəyannaməsi qəbul edilmiş və Dördtərəfli Əməkdaşlıq Protokolu imzalanmışdır. Adıçəkilən qurumlar bu sənədlər əsasında iki ölkənin ümumi məsələsi olan “Azərbaycan və Türkiyə tarixində erməni problemi” üzrə sənədlərə əsaslanan həqiqətlərin müəyyən edilməsi və ictimaiyyətin məlumatlandırılmasını təmin etmək məqsədilə birgə fəaliyyət göstərməyi qərara almışlar.
Təşəbbüsün məqsədi Azərbaycan və Türkiyə tarixlərində ortaq məsələ olan erməni probleminin bitərəf və elmi cəhətdən qiymətləndirilməsi və sənədlərə əsaslanaraq həqiqətlərin aşkara çıxarılması, region xalqları arasındakı anlaşılmazlıqlar və əməkdaşlığa mane olan hər bir problemi aradan qaldıracaq həll yolunun tapılmasına töhfə verilməsidir.
Koordinasiya Şurasının 27 fevral 2007-ci ildə Ankarada keçirilən toplantısında bu sahədə görüləsi işlərin düzgün şəkildə koordinasiya edilməsi üçün Azərbaycan Türkiyə Tarixi Araşdırmalar Fondunun yaradılması qərara alınmışdır. Artıq fondun nizamnamə layihəsi hazırlanmış və müvafiq orqanlarda qeydiyyata alınmışdır.
14 iyun 2008-ci ildə Ankarada, Türk Tarix Qurumunun inzibati binasında Azərbaycan Türkiyə Tarixi Araşdırmalar Fondunun (ATAF) Himayəçilik Şurasının ilk iclası
ATİB hər bir iş adamını, elm xadimlərini və ictimaiyyət nümayəndələrini iki ölkənin ən mühüm və ortaq problemi üzrə əməkdaşlığa dəvət edir və bu istiqamətdə hər cür təklifləri nəzərdən keçirməyə hazır olduğunu bildirir.