ATİB, Bakı Dövlət Universiteti, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının Tarix İnstitutu və Türkiyə Tarix Qurumunun 15 may 2006-cı ildə birgə təşkil etdikləri konfransın yekununda imzalanmış Dördlü Əməkdaşlıq Protokolunun həyata keçirilməsi məqsədilə yaradılmış Koordinasiya Şurasının 27 fevral 2007-ci ildə Ankarada baş tutmuş iclasında bir sıra qərarlar qəbul edildi. Qəbul edilən qərarların əlaqəli şəkildə və düzgün olaraq həyata keçirilməsi üçün Koordinasiya Şurası tərəfindən Azərbaycan Türkiyə Tarixi Araşdırmalar Fondunun (ATAF) yaradılması məqsədəuyğun hesab edildi. Bu işi öz üzərinə götürən ATİB müvafiq sənədləri hazırlayaraq Azərbayan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinə təqdim etdi və adıçəkilən Nazirliyin 26 dekabr 2007-ci il tarixli qərarı ilə ATAF qeydiyyata alındı. Təşəbbüsün məqsədi Azərbaycan və Türkiyə tarixlərində ortaq məsələ olan erməni probleminin bitərəf və elmi cəhətdən qiymətləndirilməsi və sənədlərə əsaslanaraq həqiqətlərin aşkara çıxarılması, region xalqları arasındakı anlaşılmazlıqlar və əməkdaşlığa mane olan hər bir problemi aradan qaldıracaq həll yolunun tapılmasına töhvə verilməsidir.

ATİB-in təşəbbüsü və təsisçiliyi ilə 2007-2009-cu illərdə Azərbaycanla Rusiya azasında humanitar sahədə dövlətlərarası əməkdaşlıq proqramına müvafiq olaraq, 30 may 2008-ci il tarixində İnnovasiya İnstitutu (İnnovasiya fəaliyyəti üçün mütəxəssislərin hazırlanma mərkəzi) ictimai birliyi yaradılmışdır. İnnovasiya İnstitutunun yaradılması barədə qərar 15 oktyabr 2007-ci il tarixində Moskvada TAR konsepsiyası çərçivəsində keçirilən "Türkiyə-Azərbaycan-Rusiya. Avrasiyada birgə geosiyasi ərazinin yaradılmasında üç ölkənin rolu" adlı konfransda qəbul edilmişdir. ATİB-lə yanaşı, İnstitutun təsisçiləri sırasında Azərbaycanda İxracın və İnvestisiyaların Təşviqi Fondu (AzProMo), Bakı İnnovasiya Texnologiyaları Mərkəzi və Rusiya Federasiyasının İqtisadi İnkişaf Nazirliyi İnnovasiya Mərkəzi də vardır. Təsisçilərin qərarı ilə İnnovasiya İnstitutu Bakı İnnovasiya Texnologiyaları Mərkəzinin bazasında yaradılmışdır. Qurumun təsis edilməsində məqsəd Azərbaycan, Rusiya və Türkiyə arasında innovasiya sahəsində əməkdaşlığın inkişaf etdirilməsi və onun bazasında texnoparkın yaradılmasıdır. Yeni yaradılan qurum Azərbaycan iqtisadiyyatının müxtəlif sahələri və birgə müəssisələr üçün mütəxəssislərin hazırlanmasına başlamışdır. İnnovasiya İnstitutu Azərbaycan vətəndaşlarına distansion, yəni uzaq məsafədən, texnologiya vasitəsilə xarici təhsil strukturlarında ali, orta-peşə və əlavə professional təhsil almaq imkanı verən ilk Azərbaycan strukturudur. İnnovasiya İnstitutu müxtəlif xarici tədris qurumlarında - Müasir Humanitar Akademiya (Rusiya), Açıq Biznes Təhsili və Dizayn İnstitutu, ABŞ-ın Qlobal Açıq Universiteti, Anadolu Universiteti (Türkiyə), Peşəkar İnkişaf Akademiyasında və digər tərəfdaş universitetlərdə ali üçsəviyyəli təhsil (bakalavriat, magistratura, aspirantura), eləcə də əlavə peşəkar təhsil, həmçinin ixtisasartırma üzrə çoxprofilli distant proqramlar təklif edir.

2008-ci ilin oktyabr ayında ABŞ-da ATİB-in təsisçiliyi ilə Azərbaycan Türkiyə Amerika Fondunun (ATAF US) yaradılması prosesi yekunlaşdırılmış və Fond fəaliyyətə başlamışdır. Mənzil qərargahı Vaşinqton şəhərində yerləşən Fondun yaradılmasında əsas məqsədlərdən biri  ABŞ-da mövcud olan Azərbaycan və Türkiyə cəmiyyətlərini bir araya gətirərək, onların fəaliyyətində vahid koordinasiyaya nail olmaqdır. Digər bir məqsəd isə Azərbaycan Türkiyə Tarixi Araşdırmalar Fondu (ATAF) ilə əməkdaşlıq çərçivəsində ATAF tərəfindən nəşr edilən çap materiallarının, həmçinin, hazırlanan rəqəmli (digital) materiallarının ABŞ ictimaiyyəti arasında yayılmasına yardım etməkdir. ATAF US, həmçinin, ABŞ-da yaşayan Azərbaycan və Türkiyə cəmiyyətlərinin, eyni zamanda, ABŞ ictimaiyyətinin digər nümayəndələrinin iki qonşu ölkənin ortaq problemi olan erməni məsələsi ilə bağlı məlumatlılığının artırılmasına xidmət edir. ATAF US isə ABŞ-ın hakimiyyət orqanlarında, Ağ Evdə, Senatda və Konqresdə Azərbaycanın və Türkiyənin maraqları ilə bağlı lobbiçilik etmək sahəsində də fəaliyyət göstərəcəkdir.